A relação entre os produtores rurais e as cooperativas agrícolas é um dos pilares para o sucesso do agronegócio no Brasil.
Por isso, a troca de mercadorias, insumos e serviços entre essas partes precisa estar devidamente formalizada para garantir a regularidade fiscal e o acesso a benefícios tributários.
Nesse contexto, a emissão da nota fiscal para cooperativas se torna importante para a organização financeira e para a conformidade com as obrigações fiscais.
Muitos produtores rurais têm dúvidas sobre como emitir a nota fiscal para cooperativas, quais tributos devem ser recolhidos e os benefícios fiscais envolvidos.
Como funciona uma Nota Fiscal para Cooperativa?
A nota fiscal para cooperativa é o documento que formaliza a comercialização de produtos e serviços entre o produtor rural e a cooperativa agrícola.
Quando o produtor entrega sua produção para a cooperativa, é necessário emitir uma nota fiscal que comprove a transação e detalhe as informações sobre o produto, como quantidade, valor e tributos envolvidos.
Exemplo de situações que exigem a emissão da nota fiscal para cooperativa:
- Venda de grãos (soja, milho e trigo) para a cooperativa;
- Fornecimento de insumos, como fertilizantes e sementes, por meio da cooperativa;
- Serviços prestados pela cooperativa, como armazenamento, transporte ou beneficiamento da produção.
O produtor rural pode emitir a Nota Fiscal Eletrônica (NF-e) ou a Nota Fiscal do Produtor (NFP-e), dependendo das exigências fiscais da Secretaria da Fazenda do estado.
O documento deve ser preenchido corretamente, incluindo o CFOP (Código Fiscal de Operações e Prestações) adequado, para garantir que a tributação seja calculada de forma precisa.
Quais tributos colocar na Nota Fiscal para Cooperativa?
A tributação das operações entre produtores rurais e cooperativas pode variar conforme o tipo de produto e o regime tributário adotado por ambos. Os principais tributos envolvidos são:
- ICMS (Imposto sobre Circulação de Mercadorias e Serviços): Incide sobre a comercialização de mercadorias e pode variar de acordo com o estado e o tipo de produto. Em algumas operações, a cooperativa pode ter direito a isenção ou diferimento;
- PIS/COFINS: Incide sobre o faturamento da operação. Produtores rurais pessoa física que operam sob o regime de apuração cumulativa geralmente estão isentos, mas cooperativas que operam sob o regime não cumulativo devem recolher o tributo.
- FUNRURAL: A contribuição ao FUNRURAL é devida pelo produtor rural pessoa física sobre o valor bruto da comercialização. A alíquota atual é de 1,5% para a Previdência Social e 0,2% para o SENAR.
Exemplo de cálculo de tributos de venda de soja para cooperativa:
- Valor da venda: R$ 100.000,00
- ICMS: 7% → R$ 7.000,00
- FUNRURAL: 1,5% → R$ 1.500,00
- SENAR: 0,2% → R$ 200,00
- Total de tributos: R$ 8.700,00

Como Emitir Nota Fiscal para Cooperativa?
A emissão da nota fiscal para cooperativa é feita de forma semelhante à emissão de qualquer outra NF-e ou NFP-e. Para emitir o documento, o produtor rural deve seguir os seguintes passos:
- Acessar o sistema emissor da Secretaria da Fazenda – A maioria dos estados oferece um portal para emissão de notas fiscais;
- Preencher os dados da operação – Informar o CNPJ da cooperativa, os produtos ou serviços envolvidos, a quantidade e o valor;
- Definir o CFOP correto – As operações com cooperativas podem ter CFOPs específicos, que variam conforme o estado e o tipo de operação (compra, venda ou prestação de serviço);
- Calcular os tributos – Informar os valores de ICMS, PIS/COFINS e outros tributos aplicáveis;
- Emitir e transmitir a nota – Após revisar todas as informações, a nota deve ser transmitida para a Secretaria da Fazenda para validação.
Exemplo de CFOP para transações com cooperativas:
- 5102 – Venda de produção própria para cooperativa dentro do estado;
- 6102 – Venda de produção própria para cooperativa em outro estado;
- 6949 – Outras saídas de mercadorias ou prestações de serviço para cooperativas.
O uso de softwares de gestão rural, como o Aegro, facilita o preenchimento e o cálculo dos tributos, reduzindo o risco de erros e garantindo que a nota fiscal seja emitida de maneira rápida e precisa.
Benefícios fiscais para Cooperativas
As cooperativas agrícolas contam com alguns benefícios fiscais específicos que ajudam a reduzir a carga tributária e facilitam o acesso ao crédito rural. Os principais benefícios incluem:
- Isenção de PIS/COFINS: Nas operações entre cooperativas e associados, muitas transações são isentas de PIS/COFINS, desde que os produtos estejam vinculados à atividade rural.
- Diferimento de ICMS: Alguns estados permitem o diferimento do ICMS em operações com produtos agropecuários, postergando o recolhimento do imposto para o momento da venda ao consumidor final;
- Crédito presumido de ICMS: Cooperativas podem se beneficiar de crédito presumido para compensar o valor pago de ICMS nas operações de compra e venda;
- Tratamento diferenciado na Contribuição Previdenciária: Cooperativas podem aplicar alíquotas diferenciadas para o FUNRURAL, dependendo do tipo de operação e do regime tributário adotado.
Esses benefícios tornam o modelo de cooperativa ainda mais atrativo para o produtor rural, permitindo maior competitividade no mercado.
Se houver erro na emissão da nota fiscal para cooperativa, o cancelamento pode ser feito diretamente no sistema da Secretaria da Fazenda. Para isso, o produtor deve:
- Acessar o sistema emissor;
- Localizar a nota emitida incorretamente;
- Solicitar o cancelamento;
- Justificar o motivo do cancelamento (exemplo: erro no valor ou no CFOP);
- Confirmar o cancelamento antes do prazo máximo estabelecido pelo estado (geralmente 24 horas).
Após o cancelamento, é preciso emitir uma nova nota fiscal com os dados corretos para garantir que a operação esteja regularizada.
Se você ainda tem dúvidas sobre como emitir notas fiscais para cooperativas ou como funciona a tributação, agora é o momento de se organizar.
A emissão correta é mais do que uma obrigação — é uma estratégia para fortalecer a gestão rural e o crescimento sustentável da sua propriedade.
